Le XVIlle siècle commença sous le signe de Mars. En 1700, à la mort du roi d'Espagne Charles II, son royaume fut légué à Philippe d'Anjou, petit-fils de Louis XIV, au détriment de l'archiduc Charles, fils de l'empereur d'Autriche. Deux ans après, l'empereur, ayant réussi à rallier à sa cause l'Angleterre et les Provinces-Unies, déclare la guerre à Louis XIV et à Philippe V d'Espagne pour tenter de faire valoir les droits de son fils.
La guerre de Succession d'Espagne se développa sur tous les fronts. En 1704, les Britanniques s'emparèrent de Gibraltar, acquérant ainsi une base navale d'une extrême importance pour leur stratégie en Méditerranée. Puis, ce fut l'invasion de la Provence par les troupes du duc de Savoie, Victor-Amédée II, et du prince Eugène de Savoie-Carignan, agents de l'empereur.
Un témoin oculaire, le sieur de Bénat, dans une chronique publiée en 1708, rapporte que la flotte mouilla en confusion entre Brégançon, l'île de Bagaud et le cap Bénat. Ayant mis à l'eau quelques chaloupes, l'ennemi descendit sur Bagaud où ils tuèrent quantité de bestiaux qui appartenaient au commandant de Port-Cros. Malgré les coups de canon qu'il leur tirait de sa petite forteresse pour les repousser, ils lui brûlèrent sa barque chargée de bois pour Marseille mais n'osèrent l'insulter dans ses forts. De cette brève relation, on note que Port-Cros était sur ses gardes, le fort pourvu d'artillerie, mais que sa portée ou l'efficacité de ses canonniers était faible.
La guerre durera jusqu'à la paix d'Utrecht signée en 1713, entre-temps l'île de Port-Cros sera le théâtre d'un combat naval mettant aux prises la flûte royale La Baleine et deux vaisseaux anglais.
Le 4 août 1710, revenant d'Alexandrie, chargée de peaux, de coton et de toiles, la flûte La Baleine, affrétée par le roi, était attaquée par la flotte anglo-hollandaise de l'amiral Norris. Ayant placé le navire sous la protection des batteries du fort du Moulin à Port-Cros, le commandant de la flûte, le capitaine Vincent Beaussier, pensait sans doute résister à la flotte ennemie. Grande fut sa déception : les canons du fort furent rapidement mis hors service, non par le feu ennemi, mais par le mauvais état des affûts.
Deux vaisseaux, le Bedfort et le Resolution, arrivés à portée, ne cessèrent de tirer sur La Baleine qui ne put répondre que faiblement. L'équipage quitta alors le bord en incendiant le navire désemparé. Les Anglais envoyèrent un équipage de prise mais quelques instants après La Baleine sauta. Les Anglais perdirent ainsi sept hommes et eurent trente-trois blessés.
L'amiral britannique détacha alors environ cinq cents hommes pour une action à terre. Ils entrèrent dans le fort du Moulin où les combattants, réfugiés sur le donjon, répliquèrent efficacement au feu des troupes ennemies.
N'osant poursuivre leur offensive, les Anglo-Hollandais rembarquèrent et quittèrent leur mouillage, abandonnant la carcasse calcinée de La Baleine. Par la suite, l'équipage, ayant récupéré une partie de la cargaison, rejoignit le lazaret en vue d'effectuer la quarantaine obligatoire pour un bâtiment revenant des échelles du Levant.